Die Waidhäuser wurden 1482 erbaut. Das eine Haus wurde für die Lagerung von „Waid“ genutzt, das zweite, direkt angrenzende Haus, zur Lagerung von Getreide. Mit der Waidpflanze betrieben die Augustinermönche Handel – sie waren auf diese Einnahmen angewiesen. Das Getreide wurde überwiegend für den Eigenverbrauch verwendet.
Nach der Reformation, also ca. 1525, wurden die Häuser für Schulzwecke umgebaut.
Am 25. Februar 1945 wurden bei dem Bombenangriff auf das Augustinerkloster auch diese beiden Gebäude völlig zerstört.
2006 begannen die denkmalpflegerischen Maßnahmen sowohl an den alten Grundmauern der ehemaligen Waidhäuser, als auch an der Klostermauer zur Süd- und Westseite.
Der Wiederaufbau des Gebäudes begann am 23. Juli 2007 - am 14. September 2008 konnte das Waidhaus dann in den Dienst genommen werden.
In enger Zusammenarbeit mit dem Thüringischen Landesamt für Denkmalpflege und Archäologie wurde alles wieder so hergerichtet, dass es heute die alte Bauweise sehr gut widerspiegelt.